侵犯商业秘密罪构成要件的重要要素之一就是给商业秘密权利人造成重大损失。《刑法》第二百一十九条规定，给商业秘密权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。由此可见，侵犯商业秘密罪是结果犯，以给商业秘密权利人造成重大损失为构成要件，因此权利人损失的界定成为侵犯商业秘密罪能否成立的关键。关于如何认定和计算侵犯商业秘密罪中权利人的损失，在刑法和最高人民法院的有关司法解释中均无明确规定。在一般知识产权民事案件中，直接经济损失是指因侵权而造成的销售额以及相应的利润的损失，还可以由法官根据案情酌定赔偿额。但这样的计算方式必须考虑到的相关问题是：关于民事案件的规定是否可以再刑事案件中适用；产品的合理利润如何界定。侵犯商业秘密罪中的重大损失不应该仅仅指直接损失，还应当包含预期可得利益。
同时，必须看到，刑法和民法对损失的关注点是不同的，民法以受害人为视角看待损失，关注损害恢复，着重于填平损失。而刑法从犯罪人角度看待损失，关注预防犯罪，即民法中的损失侧重于侵权行为给权利人造成的实际损害，而刑法中的损失侧重于通过犯罪人从侵权行为中的或积极或消极的获利来表明犯罪人的主观恶性和应受惩罚性。尤其是在法定犯中，如果损失额仅仅表示客观损失程度的不同，那么民事损害赔偿和行政处罚完全有理由取代刑罚，并发挥更积极的作用。在司法实践中，商业秘密权利人的损失往往很难用具体的、量化的形式表现出来，其为证明损失存在而提交的相关证据，也常常因为缺乏客观性而受到广泛质疑，这也是长期以来认定侵犯商业秘密罪的一个难点。在不断加强知识产权保护的今天，司法机关应当首先从有利于保护商业秘密权利人的利益出发，同时兼顾保护被告人合法权益的原则，依据某项客观存在的事实确定损失数额。
2001年最高人民检察院、公安部《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》使用的是“直接经济损失数额”，2004年最高人民法院、最高人民检察院《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》使用的是“损失数额”。 2010年5月18日最高人民检察院，公安部《关于公安机关管辖刑事案件立案、追诉标准的规定(二)》使用的是“实际损失”和“非法所得”，已经明确地将权利人的实际损失和侵权人的非法所得并列为侵权商业秘密案的立案、追诉标准。由此可以看到，司法解释对于“重大损失”的内涵的认定是呈逐渐扩大的趋势。因此，现在不能将“重大损失”中的“损失”仅仅理解为直接经济损失，其内涵应该更宽泛，除了行为人所侵犯的商业秘密的损失还应该包括行为人披露、使用他人商业秘密给权利人造成严重损失两个方面。具体的内容应该包括：1、如果行为人仅通过实施非法手段获取商业秘密的，应当着重于考虑行为人所侵犯的商业秘密本身的价值来判断行为人侵犯的商业秘密的价值。2、对于只是使用非法获取的商业秘密的行为，应当将重点放在非法使用商业秘密人所获得的非法利益来进行判断。3、对于既实施了侵犯商业秘密的行为的行为人，同时又非法披露、使用、允许他人使用这些商业秘密的，应将这两个方面所造成的损失结合起来判断。在以上司法解释中，笔者认为，在认定侵犯商业秘密罪的损失结果的时候，应该考虑商业秘密的研发成本、使用周期；因商业秘密受侵害所导致的商业秘密价值的减损；商业秘密的减损对权利人商誉的影响及其市场供额的影响。
(一)“重大损失”的计算原则
1、损失计算原则
商业秘密的损失计算大致分为以下两种: 一是以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑和实际赔偿的依据。商业秘密权利人可计算的财产、收入方面的损失应全部作为损失的数额。这里既包括权利人本身的收入, 也包括权利人预期的若干年内收益。二是以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失和赔偿额。这种损失的计算以侵权人未再向第三人披露、转让和不为其他公众所知为前提。
2、特殊情况下的损失计算
对于侵犯商业秘密犯罪行为给商业秘密权利人造成损失数额的认定, 在能够计算权利人损失额的场合, 应当计算权利人的损失数额; 在权利人的损失数额难以计算时, 以侵权人在侵权期间因侵犯商业秘密所获得的实际利润计算权利人的损失数额。必须指出的是, 权利人转让技术的获利数额和商业秘密的自身价值不是同一个概念, 后者的价值可能高于前者。所以, 笔者主张可以将转让商业秘密的获利额作为定罪标准, 但不能以商业秘密自身价值作为被害人遭受的损失数额计算。
(二)认定“重大损失”的具体方式
1、商业秘密的经济价值可以作为认定损失数额的标准之一。商业秘密包括技术秘密和经营秘密，侵犯商业秘密罪的经济损失应当包括现有利益的减少和预期可得利益的损失。现有利益的减少是指商业秘密本身已具有的经济利益因为侵权行为而导致的损失的减少，预期可得利益的损失是指因为行为人侵犯商业秘密的行为而导致权利人经济利益的减少。
2、根据侵犯商业秘密的行为方式来认定损失数额。(1)以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密这种侵犯商业秘密的行为是以非法获取商业秘密为特征。(2)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密。这种侵犯商业秘密的行为时以披露、使用或者允许他人使用非法获取的商业秘密为特征的。(3)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密。这种侵犯商业秘密的行为是以商业秘密合法持有人为主体的，因而不同于前述两项所规定的行为。(4)明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密。这是刑法规定以侵犯商业秘密论的情形， 它与典型的侵犯商业秘密行为有所不同， 其主体是非法获取或者商业秘密合法持有人以外的人。
3、以侵权人因侵权行为获得的利益来计算权利人损失数额。在司法实践中，商业秘密权利人的损失往往难以计算，法院通常以侵权人所获得的利润作为裁判的依据。在计算侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润时,不能简单地以销售额为获利额,也不能以已生产的产品的价格总额乘以平均利润率为获利额,一般情况下,以销售额乘以平均利润率为获利额较为妥当。商业秘密权利人的损失包括已经遭受的损失和必然遭受的损失即直接损失和间接损失,而侵权人的获利是实际获利,而不包括预期获利。另外,在审判实践中,某些侵犯商业秘密的行为往往是连续的,有的持续时间较长,此时,对损失额的计算,不能简单地以被告的侵权所得为损失额,还必须考虑时效问题,如果被害人早已知道被告人的侵权行为,却没有采取任何措施,在超过诉讼时效之后,才向有关机关寻求救济的,其损失额的计算应当自向有关机关寻求救济之日起向前推算两年计算,超过两年的损失不予保护。
(三)既遂与未遂的认定
对于行为人已经以不正当手段侵犯了权利人的商业秘密，但还未来得及披露、使用或者允许他人使用其非法取得的商业秘密的行为时应该认定为未遂还是既遂？刑法学界通说观点认为，商业秘密应当具有新颖性、价值性、实用性和保密性。行为人的行为已经侵犯了权利人的商业秘密的新颖性、价值性、保密性，但是由于《刑法》将侵犯商业秘密罪规定为结果犯，必须具有导致权利人遭受50万元以上的重大损失的危害后果时才构成既遂。虽然权利人的重大损失不应仅仅从金钱损失上来判断，但是《刑法》已经以经济损失作为判断侵犯商业秘密罪既遂与未遂的标准，根据罪刑法定原则，对于行为人已经以不正当手段侵犯了权利人的商业秘密的但还未造成重大经济损失的行为其犯罪形态应当认定为未遂。
(一) 完善我国保护商业秘密的刑法体系的设想
第一, 宜将侵犯商业秘密罪确定为一个类罪名, 在此类罪名之下, 根据各种侵犯行为的性质的不同, 具体设定成不同的个罪名。从此类犯罪行为的表现来看, 主要是窃取、泄露、侵占或以其他不正当手段的获取等行为, 因此, 刑法在侵犯商业秘密罪之下, 可设立窃取商业秘密罪、泄露商业秘密罪、侵占商业秘密罪和以其他不正当手段获取商业秘密罪等四个罪名, 并规定相应幅度的法定刑。这样更利于司法操作, 有利于彻底贯彻罪刑均衡原则。
第二, 刑法典第二百一十九条对侵犯商业秘密罪设置了两个法定刑档次:一是侵犯商业秘密,给商业秘密的权利人造成重大损失的, 处三年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处罚金；二是侵犯商业秘密造成特别严重后果的,处三年以上七年以下有期徒刑,并处罚金。上述法定刑设置中存在的主要争议问题是，应否提高法定最高刑，以打击日益严重的侵犯商业秘密罪。笔者认为，我国现有侵犯商业秘密罪法定最高刑的规定是基本合适的，并不存在由于法定刑过低而不利于惩治严重的侵犯商业秘密犯罪的问题，因此，不宜提高其法定最高刑。理由在于：首先，提高侵犯商业秘密罪法定最高刑，会破坏各种侵犯知识产权犯罪之间法定刑的平衡。中国刑法典分则第三章第七节规定了侵犯知识产权的8个条款7 种犯罪，除了销售侵权复制品罪和假冒专利罪以外，其他4 种侵犯知识产权犯罪与侵犯商业秘密罪一样，都规定了两个法定刑幅度，法定最高刑都是七年。商标权、专利权、著作权与商业秘密权同属知识产权，同样具有财产内容，都是人身权利与财产权利的统一体，严重的侵权行为都会给权利人造成巨大的损失。因此，如果仅仅提高侵犯商业秘密罪的法定最高刑，而不提高其他侵犯知识产权犯罪的法定最高刑，不仅会破坏现有各具体侵犯知识产权犯罪之间法定刑的平衡，而且很有可能会引发各罪之间的法定刑向重刑方向的攀比问题，进而造成侵犯知识产权犯罪乃至整个经济犯罪的重刑化问题。其次，尽管近年来侵犯商业秘密的行为多发且危害严重，但不能以此证明是由于刑法对侵犯商业秘密罪规定的法定刑过低引起的。出现侵犯商业秘密行为多发且危害严重的原因是多方面的，因而将侵犯商业秘密行为多发且危害严重的原因归咎于刑法对侵犯商业秘密罪规定的法定刑太低，这是非常不客观的。因此，加强预防的有效性，提高惩治的及时性和必然性，才是解决侵犯商业秘密罪行为多发且危害严重的根本措施。否则，一味强调通过提高侵犯商业秘密罪的法定刑对其予以重惩，是难以实现对侵犯商业秘密罪的有效惩治与防范的。第三，就世界范围内来看，中国刑法典规定的侵犯商业秘密罪的法定最高刑已经较重，不宜再予以提高。从有关国际公约和世界各国对商业秘密保护的现状来看，虽然侵犯商业秘密行为会给权利人造成巨大损失，但《Trips 协定》等国际公约和相当一部分国家(例如英国、加拿大、澳大利亚等)并未将其规定为犯罪，发生了侵犯商业秘密的纠纷，往往都通过民事手段进行救济。即使有一些国家和地区将侵犯商业秘密行为规定为犯罪，刑罚设置上也都以财产刑为主，以自由刑为辅，法定最高刑普遍不高。
第三，在修改刑法时, 将侵犯商业秘密罪规定为行为犯的同时, 将“造成重大损失”改为“情节严重”, “情节特别严重”。这样可以解决司法实务中对“重大损失”数额的认定难问题。就是说, 不仅将侵犯商业秘密罪与一般的商业秘密侵权行为区分开来, 降低追诉标准, 克服目前因追诉标准过高放纵犯罪和对权利人保护不力的现象, 还可以避免将司法活动拖入重大损失、直接损失、间接损失等的认定上, 使案件得到及时处理。
(二)将过失侵犯商业秘密的行为作非犯罪化处理
刑法中规定的侵犯商业秘密罪的罪过形式包括故意和过失，但是，从立法精神、立法的科学性及刑法的发展趋势看，不宜将过失侵犯商业秘密的行为规定为犯罪。正如有学者指出，侵犯商业秘密罪本身不是重罪，对过失侵犯商业秘密的行为，通过民事侵权损害赔偿的途径加以解决即为已足，作犯罪处理并不符合刑法谦抑原则。其次，由于故意犯罪和过失犯罪的主观恶性、社会危害性差别很多，同一罪名包括故意和过失两种罪过形式而法定刑相同，其科学性值得怀疑。再次，将过失的第三人侵犯商业秘密的行为纳入刑法调整的范围，与当今国际刑事立法趋势不符合。通观当今国际刑事立法，多数国家将故意侵犯商业秘密的行为列入刑法打击对象中，仅有少数国家将过失侵犯商业秘密的行为纳入刑法的调整范围。世界各国大体上都规定本罪只能由故意构成，如美国、德国、瑞士、法国等国家。之所以这样规定，是因为从刑事诉讼成本分析，追究过失侵犯商业秘密的行为之刑事责任是得不偿失的。因此，笔者认为，对商业秘密的保护，应借鉴美国等国的做法，建立以民事、行政保护为主，刑法保护为补充的立法格局。在罪过方面，确定只有故意才可以构成犯罪的立法模式，以适应商业秘密法律保护的世界发展趋势。
(三)建立适合侵犯商业秘密罪特点的法定刑体系
首先，适合不同的侵犯商业秘密行为，增加法定刑的量刑档次，以实现罪刑相适应；其次，将罚金作为法定刑的首选刑种，提高罚金刑在打击商业秘密侵权犯罪中的地位，同时，对侵犯商业秘密罪中的罚金数额予以明确规定，增加司法实践中的可操作性；最后，设立资格刑，使犯罪人丧失再犯的条件。资格刑是剥夺犯罪人享有或行使一定权利资格的一种刑罚，在侵犯商业秘密罪的刑罚种类中可增设如剥夺从事一定职业的权利的资格刑， 以起到威慑和预防的作用。